▲池袋線内の試運転で所沢（SI-17, SS-22）4番ホームに進入する新型車両40000系。『S-Train』の固定運用のみで考えると同系列は朝晩のみ見ることができそうだが、日中時間帯に池袋線内の一般列車に充当されることがあるのだろうか。
運転区間は平日は所沢～小竹向原（SI-37, Y-06）～豊洲（Y-22）間で運転され（豊洲で回送としてそのまま折り返すか和光検車区新木場分室のある新木場［Y-24］まで回送して一度入庫、再出庫となるかどうかなどは不明）、土曜休日は西武秩父（SI-36）～飯能（SI-26）～小竹向原～新宿三丁目（F-13）～渋谷（TY-01, F-16）～横浜（TY-21, MM01）～元町・中華街（MM06）間で運転されます。停車駅は平日ダイヤでは所沢、保谷（SI-12）、石神井公園（SI-10）、飯田橋（Y-13）、有楽町（Y-18）、豊洲の各駅となり、豊洲行きでは途中停車駅の保谷・石神井公園は乗車専用、飯田橋・有楽町は降車専用となります（所沢行きはその逆となる）。一方の土曜休日ダイヤでは西武秩父、飯能、入間市（SI-23）、所沢、石神井公園、池袋（副都心線：F-09）、新宿三丁目、渋谷、自由が丘（TY-07）、横浜、みなとみらい（MM03）、元町・中華街となり、元町・中華街行きでは途中停車駅の横浜、みなとみらいが降車専用で所沢方面行きはその逆となりますが、副都心線の池袋では両方向とも降車専用となっています。また土曜休日ダイヤに限り西武池袋線・秩父線内と新宿三丁目・渋谷・自由が丘の各停車駅では途中乗車および途中下車が可能ですが、みなとみらい線内のみでの乗降はできません。また小竹向原での乗降はできませんが、鉄道会社が変わるため西武鉄道・東京地下鉄の乗務員が交代するために運転停車をするものと思われます。
駅名だけで見てみると平日の『S-Train』の停車駅は平日の池袋線内では朝ラッシュ時間帯の上りのみの通勤急行より少なく、通勤急行が停車する東久留米（SI-14）と大泉学園（SI-11）の両駅、有楽町線内では飯田橋・有楽町・豊洲以外の各駅（ただし豊洲～新木場間は除く）を通過、土曜休日の『S-Train』の停車駅は日中時間帯に西武池袋線内は快速急行、副都心線内は急行、東横線・みなとみらい線内は特急といった『Fライナー』（ただし西武秩父線内は特急『ちちぶ』）よりも少なく、池袋線・西武有楽町線内は『Fライナー』の快速急行が停車する新桜台（SI-38）、練馬（SI-06）、ひばりが丘（SI-13）、小手指（SI-19）の各駅（西武秩父線内は特急停車駅の横瀬［SI-35］を含めて全駅）、副都心線内は『Fライナー』の急行が停車する小竹向原（本来通過だが乗務員交代のための運転停車はするものと思われる）、東横線内は『Fライナー』の特急が停車する中目黒（TY-03）、武蔵小杉（TY-11）、菊名（TY-16）を通過するため、それらの列車よりも上位種別となるようでしょうか。
要するに平日では通勤通学向け座席指定制のライナー列車としての役割を果たし、土曜休日ではお出かけ・買い物・観光向け座席指定制の行楽列車としての役割を果たします。なお『S-Train』では終着となる一部駅を除き各車両の1ヶ所の扉が開きます。ちなみに指定座席の料金については小児料金・大人料金（詳細は西武鉄道・東京地下鉄・東京急行電鉄・横浜高速鉄道のプレスリリースからご覧ください）がそれぞれ設定されており、『S-Train』への乗車には乗車券（ICカードを含む）のほかに指定券を必要とします。指定券を持たずに『S-Train』に乗車した場合、乗車区間分の指定券料金に200円を加算した金額を支払うことになりますのでご注意ください（特急むさし・ちちぶと同じく車内改札があるかもしれません）。そのため指定券は同列車の乗車前に必ず指定券を購入することをお勧めします。指定券発売箇所については駅窓口・指定券販売機、自動券売機のいずれかで購入できる駅がありますので、そちらについても各社のプレスリリースよりご覧ください。
【運転本数】
平日ダイヤ・・・所沢方面3本（101号・103号・105号）、豊洲方面4本（102号・104号）
土曜休日ダイヤ・・・飯能方面3本（1号・3号・5号）、横浜方面2本（2号・4号）
【運転時刻】
備考：父・・・西武秩父、飯・・・飯能、所・・・所沢、豊・・・豊洲、元・・・元町・中華街
★平日★
［所沢方面］
『S-Train』101号 豊1700→所1800
『S-Train』103号 豊2000→所2058
『S-Train』105号 豊2300→所2401
［豊洲方面］
『S-Train』102号 所0624→豊0724
『S-Train』104号 所1518→豊1618
『S-Train』106号 所1820→豊1922
『S-Train』108号 所2120→豊2219
★土曜休日★
［飯能方面］
『S-Train』1号 元0701→父0915
『S-Train』3号 元1655→飯1834
『S-Train』5号 元1955→所2111
［横浜方面］
『S-Train』2号 飯0918→元1053
『S-Train』4号 父1705→元1938
