▲4000形では唯一千代田線直通運用に入らず、主に新宿（OH01）発着のみで運用されている4066F。重要部検査を通したものの、5号車（サハ4366）の転落防止幌が変更されておらず、地下鉄直通対応となる誘導無線アンテナは設置されなかったため、現在でも直通非対応のままとみられる。
この編成は2016年12月の落成後初めての重要部検査施行でした。入場期間が比較的長めだったことから千代田線直通対応改造が施されたのではと憶測もあったようですが、関係なかったようですね。今後も10両編成のE運用（ただしダイヤ乱れの場合は8両編成のB運用に入ることもある）をメインに運用されていくようですね。運転席は4065Fの改造工事をもって全編成がグラスコックピット仕様となり、前照灯は全編成でLED化されるなど、4066Fと同一仕様に合わせられましたが、誘導無線アンテナの非搭載などを考えると、当面は1000形、3000形、8000形、今後登場する（2代目の）5000形と共通運用になりそうです。
