▲最後の2代目塗装車となった9701F。種別行先案内表示器が唯一の字幕式（そうにゃんのイラスト入り）であり、リニューアル更新工事前の9702Fもこの姿であった。
▲現在リニューアル更新工事のため入場中の9707F。この編成は2代目塗装になった最初の編成であるため、車番の字体が他の編成とは異なっていた。
現在のところ2代目塗装で残るのは9701Fのみであり、入場中の9707Fを除き、それ以外の編成は3代目“YOKOHAMA NAVYBLUE”塗装で活躍しています。なおリニューアル更新工事を受けた編成のうち、9702Fは種別行先案内表示器が字幕式であった編成、9703Fは最初にリニューアル更新工事を受けたことから車体側面の車両番号が下部に記載されている唯一の編成（ホームドア非対応）、9705Fは唯一2代目塗装にならなかった編成（すなわち初代塗装から3代目塗装になった編成）です。今年度の事業計画では9000系2編成（9701F・9707F）のリニューアルを発表していますが、あと別に1編成のリニューアルを発表しています。それは8000系のリニューアルに移行するという意味なのでしょうか。
【9000系リニューアル更新状況】
2015年度：9703F 2016年度：9705F 2017年度：9702F・9704F
2018年度：9706F 2019年度：9701F（未施工）・9707F（施工中）
